ENQUANTO ISSO NO BRASIL...

A consolidação da conquista na segunda metade do século XVI aumentou os núcleos populacionais,  que receberam assim mais agentes infecciosos. As tribos reagiram a essa intensificação da colonizaçãode duas maneiras: aquelas que se aliavam aos portugueses mantinham com eles uma convivência pacífica., as que se opunham eram atacadas, aprisionadas e escravizadas pelas tribos rivais associadas aos lusos. Mas todas elas sofriam a investida de um terceiro inimigo, muitas vezes mais potentes, os agentes infecciosos procedentes da Europa.

A França sempre cobiçava um pedaço de terra na costa brasileira, incentivada pela quantidade de pau-brasil. Foi entre os franceses na baía de Guanabara que iniciou-se uma epidemia de varíola que durou em 1555 a 1562. Propagou-se pela costa brasileira matando 50% dos indígenas acometidos. Várias vilas jesuítas perderam seus índios em fase de cristianização, há relatos de morte de até trinta mil deles.

A epidemia, que em 1559 castigou o litoral do Espírito Santo, também matou índios,que apresentavam sintomas de darréia sanguinolenta associados a outros parecidos com coqueluche ou  influenza. O início da décade de 1560, foi marcado pela epidemia decorrente de doença com sintomas variados. Houve casos descritos como diarréia hemorrágica e sintomas pulmonares, assim como a varíola na sua forma mais grave, a hemorrágica. Essa famosa epidemia pode ter decorrido, na verdade, de associações de agentes.

Gravura de Debret mostrando índios sendo escravizados por portugueses

Em 1570, chegava a nau de João Fernandes , conhecida também como a "nau das órfãs, por transportar uma grande quantidade de meninas que haviam perdido os pais durante a peste que assolou Lisboa à época. Assim, desembarcavam nos portos brasileiros a peste, a rubéola, o sarampo, e a varicela. Os tupis assustavam-se com esses novos visistantes,  a varicela recebia a denominação tupi de catapora, "fogo  que salta".

A segunda metade do século registrou o aumento do plantio de cana-de-açúcar e do número de engenhos pelo litoral. As províncias que mais prosperaram com esse cultivo foram Pernambuco e Bahia, locais em que se encontravama maioria dos engenhos.

A chegada dos jesuítas favoreceu a adoção de medidas de proteção aos índios contra sua escravidão. Determinou-se que só fossem escravizados os nativos capturados nas "guerras justas", ou seja, nas guerras a índios contrários às normas cristãs, aqueles que matavam cristãos ou praticavam antropofagia.



 Aqui fizemos uma casinha pequena de palha, e a porta estreita de cana. As camas são redes que os índios costuram; os cobertores, o fogo, para o qual, acabada a lição à tarde, vamos buscar lenha no mato e a trazemos às costas, para passarmos a noite. A roupa é pouca e pobre, sem meias ou sapato, de pano de algodão... A comida vem dos índios, que nos dão alguma esmola de farinha e algumas vezes, mas raramente, alguns peixinhos do rio e mais raramente ainda, alguma caça do mato."
Trecho de carta de Anchieta a Inácio de Loyola -1554



Uma epidemia de varíola em 1562 a 1563 dizimou os índios dos aldeamentos jesuítas e provocaram  sua fuga para o interior. Estima-se que morreram entre trinta mil índios em dois a três meses. 

Em conflitos por conquistas de territórios principalmene entre portugueses e franceses provocaram o surgimento de epidemias. Em 1597, em disputa por territórios na Paraíba, novamente ocorreu um surto de varíola que matou dez em cada 12 índios.

Em 1599, um navio espanhol com destino a Buenos Aires fez parada no Rio de Janeiro e por lá deixou uma epidemia não identificada que causou, em três meses a morte de cerca de três mil indígenas e portugueses.

No século XVII o panorama infecioso não mudaria. Frequentemente, as infecções chegavam às moradias dos nativos, principlamente a varíola. Em 1660, essa doença alcançou o Maranhão, alastrando-se no litoral, e em Belém, onde dizimou mais de 50% dos índios doentes. A epidemia disseminou-se pela rio Amazonas entre as missões jesuítas fundadas ao longo de seu leito, atinguindo a ciadeade de Manaus. Cerca de 44 mil nativos morreram nessa epidemia.

As doenças infecciosas, trazidas pelos europeus de maneira inevitável ajudaram praticamente a exterminar os nativos brasileiros. Ainda seriam utilizadas para consolidar a conquista territorial no final do século  XVIII, só que dessa vez de forama consciente. Os goitacás moravam em palafitas nas áreas pantanosas da região dos rios Paraíba do Sul e Itabopoana. Extremamente violentos , constituíam tribos difíceis de ser em combatidas e permanceram na região do campo de Goitacás por muitos anos. Até o dia em que os portugueses descobriram um meio de vencer os 12 mil índios resistentes usando a varíola como arma biológica. No final do século XVIII, esses nativos foram dizimados por uma epidemia da doença espalhada entre eles de maneira proposital pelos portugueses.

Do século do Descobrimento até o fim da escravidão, estima-se que três milhões de índios tenham sido exterminados pelas doenças infecciosas que os europeus trouxeram ao País.

Portinari

As dificuldades encontradas no emprego de mão de obra indígena nos engenhos aumentaram no transcorrer do século XVI. Cada vez mais, os donos de engenho se interessavam pela mão de obra escrava africana. Assim a adotaram definitivamente, e a vinda de africanos foi intensificada. Em 1590 a Bahia já importava um número seis vezes maior de negros, e estes predominavam também em Pernambuco. Partiram da costa da Guiné, depois do Congo e de Angola.